要将甲醛灭菌器出口到日本并办理PMDA（日本医疗器械和药品管理局）认证，您需要按照以下步骤进行办理：

1.      资料准备：准备好所有必要的文件和资料，包括产品的技术规格、测试报告、生产工艺、质量管理体系证明等。这些文件需要符合PMDA的要求和标准。

2.      申请提交：将申请文件和资料提交给PMDA。您可以通过PMDA官方网站或直接联系他们的办公室获取申请表格和指南。

3.      审核和评估：PMDA将对您的申请进行审核和评估。他们可能会要求补充资料或进行产品样品测试。您可能需要支付相应的费用以进行评估和审查。

4.      认证发放：一旦您的申请通过审批，PMDA将颁发认证文件。您可以使用该认证文件作为出口到日本的凭证。