要将小型压力蒸汽灭菌器出口日本并进行PMDA（Pharmaceuticals and Medical Devices Agency）认证办理，您可以按照以下步骤进行：

1.      准备申请材料：首先，您需要准备完整的申请材料。这包括产品说明、技术规格、设计图纸、使用说明书、性能测试报告、质量管理体系文件等。此外，您可能还需要提供产品的成分列表、原产国证明等相关文件。

2.      委托代理人：根据日本的要求，您需要委托在日本注册的代理人作为您的代表。代理人将协助您与PMDA进行沟通，并协助您的申请过程。

3.      编写申请文件：根据PMDA的要求，编写完整的申请文件。文件应包括产品的描述、技术性能、安全性评估、临床试验数据（如果适用）、制造流程等信息。

4.      提交申请并缴费：将完整的申请文件提交给PMDA，并支付相关的申请费用。确保您按照指定的申请方式进行提交，并留存相关收据和文件备份。

5.      审查和评估：PMDA将对您的申请进行审查和评估，可能会要求补充材料或进行现场审核。您需要及时响应和配合，提供所需的信息和协助。

6.      认证批准：一旦PMDA对您的申请进行了满意的审查，他们将颁发认证批准。这意味着您的产品可以在日本市场上合法销售和使用。