将医疗器械出口到日本时，您可能需要办理以下认证和文件：

1、原产地认证：日本要求医疗器械进口商提供产品的原产地证明文件。这可以是由出口国家或地区的政府或认可机构颁发的相关证明。

2、ISO 13485认证：ISO 13485是医疗器械质量管理体系的国际标准。虽然日本没有强制要求医疗器械进口商获得ISO 13485认证，但这是日本市场上的常见要求之一，尤其是对于高风险类别的器械。

3、医疗器械注册：在日本市场上销售的医疗器械需要进行注册，以确保其符合日本的法规和标准要求。医疗器械注册的具体要求和流程由日本药品医疗器械管理局（PMDA）负责。

4、GMP认证：如果您的医疗器械是通过日本制造或组装的，可能需要获得日本的GMP（Good Manufacturing Practice）认证，以证明生产过程符合质量管理的要求。

5、特定产品认证：某些特定类别的医疗器械可能需要额外的认证或许可才能在日本市场上销售，例如放射性医疗器械、激光设备等。

此外，根据日本的法规和要求，您可能需要提供其他文件和资料，例如产品说明书、质量控制文件、技术规格、安全性和有效性的证明等。确切的认证和文件要求可能因产品的分类、特性和日本法规的变化而有所不同。

建议在出口医疗器械到日本之前，与日本的医疗器械管理机构（如PMDA）或当地的医疗器械注册代理商进行联系，了解最新的要求和流程。他们可以提供更具体和详细的指导，帮助您满足日本市场的认证和文件要求。