准备全自动注药泵的GMP（Good Manufacturing Practice，良好生产规范）质量体系的申请文件是一个详细和复杂的过程。以下是通常需要的主要材料和一般的准备步骤：

质量手册：

编写一个GMP质量手册，其中包含组织的质量政策、目标、组织结构、质量体系的概述和承诺。该手册应提供整个质量体系的总体框架。

程序文件：

编写详细的程序文件，规定了各种质量管理活动和流程的操作细节。这些文件应包括但不限于：原材料采购和控制程序生产和制造程序检验和测试程序设备维护和校准程序不符合性和纠正措施程序内部审核程序文件控制程序培训程序

记录：

准备记录表格，用于记录各种活动和结果。这些记录可能包括生产批记录、检验报告、校准记录、培训记录等。

组织架构图：

绘制或描述组织的架构，包括各个部门、职责和人员。确保组织结构清晰可见。

员工培训计划：

开发员工培训计划，确保所有员工了解GMP质量体系，并能够有效执行相关任务。

风险评估：

进行风险评估，特别是针对产品和生产过程中的潜在风险。记录评估结果和相关措施。

供应商文件：

准备与供应商相关的文件，包括供应商评估、合同和供应商管理程序。

法规遵从文件：

确保符合适用的法规和法规要求的文件，特别是医药和医疗器械方面的法规。

纠正和预防措施记录：

记录已识别的不符合性和采取的纠正措施，以确保问题得到解决。

管理评审记录：

记录管理评审的结果，包括对质量体系的改进建议和决策。

其他相关材料：

根据您的业务类型和需求，可能需要其他特定的文件和记录。