要将金属接骨板钉系统出口到日本并办理PMDA（Pharmaceuticals and Medical Devices Agency）认证，您可以按照以下步骤进行操作：

确定适用的法规：首先，确定金属接骨板钉系统是否符合日本的医疗器械法规要求。您可以参考PMDA的官方网站或相关法规文件，了解适用的规定。

寻找注册代理商：根据日本的要求，作为外国制造商，您需要指定一家在日本注册的注册代理商。注册代理商将协助您进行PMDA认证申请并负责与PMDA的沟通。

准备文件和申请：联系注册代理商后，他们将向您提供所需的文件和申请表格。这些文件可能包括产品技术规格、性能数据、生产和质量管理体系文件等。您需要准备这些文件，并填写申请表格。

提交申请：一旦准备好文件和申请表格，您可以将其提交给注册代理商。代理商将负责将申请递交给PMDA，并确保您提供的文件和信息完整和准确。

评估和审核：PMDA将对您的申请进行评估和审核。他们可能会要求补充信息或进行进一步的测试。在此过程中，您可能需要与PMDA或注册代理商进行沟通，并提供额外的支持文件和数据。

认证决定：一旦审核过程完成，PMDA将做出认证决定。如果您的金属接骨板钉系统符合日本的医疗器械法规要求，他们将发放PMDA认证。