要将内镜清洗消毒器出口到日本并获得PMDA（Pharmaceuticals and Medical Devices Agency）认证，您可以按照以下步骤办理：

1. 确定产品分类：根据日本的医疗器械分类规定，确定内镜清洗消毒器的分类。日本将医疗器械分为不同的类别，例如一般医疗器械、高度功能性医疗器械等。

2. 准备技术文件：根据PMDA的要求，准备符合认证要求的技术文件。这可能包括产品说明、技术规格、清洗消毒过程描述、性能测试数据、安全评估报告等。确保文件符合PMDA的要求，并按照要求进行准备。

3. 指定日本注册代理商：作为出口商，您需要在日本指定一家注册代理商。注册代理商将代表您与PMDA进行沟通和申请。

4. 提交认证申请：将准备好的技术文件和认证申请表格提交给PMDA，通过注册代理商进行申请。确保申请材料完整，并按照要求提供所有必要的信息。

5. 技术评审：PMDA将对您的申请进行技术评审。他们可能会对文件进行审核，并可能要求您提供进一步的信息或进行实验室测试。

6. 通信和补充材料：根据PMDA的要求，与注册代理商进行沟通，并根据需要提交任何额外的信息或补充材料。这可能涉及对申请文件的进一步解释、性能测试结果、质量控制措施等。

7. 审批和发放认证：在技术评审和必要的评估完成后，如果您的内镜清洗消毒器符合PMDA的要求，PMDA将批准并发放认证。